Insiden berdarah Peristiwa Tanjung Priok meninggalkan kesumat di kalangan umat Islam, khususnya kepada tentara. Jenderal Benny Moerdani turun tangan demi memulihkan citra TNI sekaligus menangkal kesan anti-Islam pada dirinya.

Tradisi pesantren, kitab kuning, dan metode pengajaran Islam dari kiai langsung ke murid telah dilakukan sejak awal penyiaran Islam di Jawa.